Il principale obiettivo formativo, comune a entrambi gli indirizzi, è quello di fornire una preparazione specialistica volta allo sviluppo di competenze che rendano idonei all'attività di ricerca su istituzioni e politiche in prospettiva internazionalistica e che consenta di analizzarne il disegno sia in chiave normativa che in chiave positiva. La scuola di dottorato, in entrambi i suoi indirizzi, si caratterizza per un alto grado di interdisciplinarietà, che non preclude tuttavia lo sviluppo di competenze specialistiche in una delle sue aree disciplinari: economico-istituzionale, giuridico-istituzionale, politico-istituzionale e storico-istituzionale.

Sono previste alcune attività didattiche comuni ad entrambi gli indirizzi e destinate a tutti i dottorandi, qualunque sia la loro area disciplinare di riferimento. Tali attività prevedono, per il primo anno di corso, lezioni e attività seminariali strutturate anche sul modello dei gruppi di lettura, ripartite tra le quattro aree disciplinari.

A ciascun dottorando è poi assicurata nell'arco dei tre anni la supervisione di almeno un membro del Collegio dei docenti, che guida ed indirizza l'attività di ricerca e stabilisce un programma formativo individuale, che può prevedere la frequenza di attività formative anche non esclusive del dottorato.

I dottorandi sono incoraggiati a trascorrere il secondo anno all'estero, per seguire corsi specialistici o attingere a fonti bibliografiche e archivi presso università o istituzioni internazionali.

Per l'indirizzo in Istituzioni e organizzazioni le aree di insegnamento riguardano prevalentemente, per quanto riguarda gli aspetti economici, una formazione di base in campo soprattutto microeconomico e l'apprendimento delle tecniche quantitative ed analitiche necessarie sia per l'analisi teorica, sia per quella empirica e applicata, in particolare in relazione all'economia delle istituzioni nazionali e internazionali; per quanto riguarda gli aspetti giuridici, oltre al completamento della formazione di carattere pubblicistico, le istituzioni giuridiche internazionali, il diritto internazionale e dell'Unione Europea.

Nell'indirizzo in Politica: istituzioni e rappresentazioni si persegue l'acquisizione da parte dei dottorandi delle strumentazioni teoriche e metodologiche specifiche della scienza politica, della storia delle istituzioni politiche e dei diversi ambiti di studio delle relazioni internazionali. Tali strumenti dovranno essere applicati all'indagine delle strutture e dei fenomeni politici storicamente più rilevanti sia all'interno delle società e dei regimi politici europei, sia dentro il sistema globale. I dottorandi dovranno sviluppare la capacità di ricerca sulle modalità di rappresentazione del sistema politico e delle forme istituzionali che lo governano, nella loro evoluzione storica così come nei loro più recenti mutamenti.